OSIS di MTs Negeri 2 Pekalongan memiliki peran strategis dalam membentuk karakter, mengembangkan bakat dan minat siswa, serta mendukung visi madrasah secara keseluruhan. Dengan dukungan penuh dari kepala madrasah, guru pembina, dan siswa yang aktif, OSIS dapat menjadi motor penggerak kegiatan positif dan prestasi.